值得注意的是，吃豆腐应该注意科学搭配，才能发挥最大的保健功效。
长期大量吃豆腐可能产生如下问题：
第一，促使动脉硬化。
豆制品含有极为丰富的蛋氨酸，蛋氨酸在酶的作用下可转化为半胱氨酸。它会损伤动脉管壁内皮细胞，使胆固醇和甘油三酯沉积于动脉壁上，导致动脉硬化形成。
第二，促使痛风发作。
豆腐含嘌呤较多，嘌呤代谢失常的痛风病人和血尿酸浓度增高的患者，多吃豆腐易导致痛风发作。
第三，导致碘缺乏。
制作豆腐的大豆含有的皂角甙，会加速体内碘的排泄。长期过量食用豆腐很容易引起碘缺乏，导致碘缺乏病。
第四，增加肾脏负担。
在正常情况下，人吃进体内的植物蛋白质经过代谢，最后大部分成为含氮废物，由肾脏排出体外。人到老年，肾脏排泄废物的能力下降，此时若不注意饮食，大量食用豆腐，摄入过多的植物性蛋白质势必会使体内生成的含氮废物增多，加重肾脏的负担，不利于身体健康。
第五，对精子有害。
英国科学家实验室初步研究发现：大豆中一种植物化学物质可能对精子有害。据路透社报道，英国研究人员称，在大豆中发现的一种植物化学物质可能对精子有害，影响男性的生育能力。
豆腐有三个绝佳搭配
豆腐配鱼：豆腐所含蛋白质缺乏蛋氨酸和赖氨酸，豆腐和鱼一起吃，取长补短，营养价值更高。豆腐含钙量较多，而鱼中富含维生素D，两者合吃，可使人体对钙的吸收率提高很多倍。因此，特别适合中老年人、青少年、孕妇食用。
豆腐配海带：豆腐里的皂角苷成分虽然能促进脂肪代谢，阻止动脉硬化发生，但易造成人体碘的缺乏，海带含碘丰富，将豆腐与海带一起烹调，十分合理。
豆腐配萝卜：豆腐属植物蛋白，多食会引起消化不良，白萝卜有促进消化的作用，若与豆腐拌食，有利于豆腐的吸收。豆腐含有丰富的钙，白萝卜不含草酸，不会阻碍钙的吸收
此外，营养高的豆腐虽含有丰富的蛋白质，但缺少一种人体必需的蛋氨酸。如果单独烧菜，蛋白质的利用率则很低。如果将豆腐和肉类、蛋类食物搭配在一起，可提高豆腐中蛋白质的营养利用率。
豆腐纵有百般好，食用也是有些禁忌的。豆腐含有皂角苷，虽能预防动脉粥样硬化，但也能促进体内碘的排泄。长期大量吃豆腐容易引起碘的缺乏。另外，豆腐食用过多容易引起消化不良，每餐食用应以100克左右为宜。
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